Desde 1956 la misión de OIM en Colombia trabaja para contribuir, desde su experiencia  como principal organización intergubernamental en el ámbito de la migración, a encauzar la migración en beneficio de todos. La Organización implementa en casi todos los departamentos de Colombia, con el apoyo de distintos cooperantes  y contrapartes, programas acordes con las necesidades de las poblaciones y vulnerables migrantes del país.

Junto a programas tradicionales de atención al flujo migratorio en el exterior; retorno voluntario; reintegración de colombianos procedentes de otros países; fortalecimiento de la capacidad gubernamental en la agenda migratoria y cooperación técnica para las migraciones, la Organización ha rediseñando sus actividades en Colombia para atender grupos de población vinculados a la migración forzada. Entre estos grupos se encuentra la población víctima del desplazamiento forzado interno, de la trata de personas y de la violencia; los niños, niñas y jóvenes desvinculados de los grupos armados ilegales o en riesgo de vinculación; las personas en proceso de reintegración a la vida civil y las víctimas de los grupos armados ilegales.

Todos los programas de la OIM involucran la perspectiva de género y se implementan con una visión integral y diferencial hacia la población indígena y afro-colombiana.